瑞士苏黎世理工学院Barbara Treutlein、巴塞尔大学J. Gray Camp等研究人员合作通过单细胞基因组数据解析大脑类器官的区域身份。近日，《细胞—干细胞》在线发表了这项成果。
研究人员开发了一套计算工具(VoxHunt)，通过与空间和单细胞转录组参考数据集进行比较来评估大脑器官的模式、发育状态和细胞身份。通过来自于不同大脑类器官模型的单细胞和组织的基因组数据，研究人员使用VoxHunt来表征和可视化细胞组成。VoxHunt将有助于评估类器官构建方案，并注释在遗传和环境扰动实验中类器官中出现的细胞命运。
据了解，人类干细胞产生的类大脑结构为研究人类大脑的发育、疾病和进化提供了可能性。这些3D模型非常复杂，可以包含来自不同大脑区域的处于不同分化阶段的细胞。单细胞基因组学方法提供了强大的方法来探索脑类器官系统中的细胞组成、分化轨迹和遗传扰动。但是，要理解各个类器官内部和之间的异质性仍然是一个重大挑战。
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https://doi.org/10.1016/j.stem.2021.02.015
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